V roce 1941 byl opět zvolen nový předseda a to Emil Procházka. Mnozí členové fotbalového klubu byli zapojeni v době nacistické okupace do odbojové činnosti. V květnových událostech roku 1945 hrdinně padli: J. Pospíchal, J. Kocman, O. Prudík, J. Brázda, M. Skrbek, M. Krejčí, L. Doležal, F. Vodňanský, J. Dobrovolný a V. Neumann, čest jejich památce. Klubu bylo také v důsledku v květnových bojů odcizeno několik rekvizit v hodnotě 6 000 Kčs. Nenahraditelnou ztrátou, kterou dlouho nebude moci nikdo klubu vynahradit, je to, že klub pozbyl své nejlepší hráče, ale vedení klubu přesto doufalo, že se mu podaří přivésti vše brzy do normálních kolejí.

Po válce se krátce novým předsedou stává Antonín Havránek, po osvobození se 26.6. 1945 ujímá předsednictví Vilém Souček, který ve funkci vydržel do únorových událostí v roce 1948, kdy byl vytvořen sedmičlenný akční výbor v čele s J. Pěchotou k převzetí SKVM.